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小(xiǎo)鼠細胞STR鑒定的檢測問題及誤區

  案例分(fēn)析     |      2023-02-28 13:59:02

       細胞STR鑒定國際标準推出以來,至今已有12年。人源細胞STR鑒定的公開(kāi)可參比數據已增至8000+,然而小(xiǎo)鼠細胞STR可參比數據則很少,目前爲84個(截止2023.1).

      STR鑒定關注的細胞質量控點主要有2個:一(yī)個是細胞系的身份識别,另一(yī)個是細胞系的種類交叉污染。

      對于人源細胞系目前有大(dà)量的參考STR數據可比對,所以鑒定檢測的頻(pín)率更高。

      對于小(xiǎo)鼠細胞系,因公布的參考STR數據較少,所以鑒定檢測的頻(pín)率則較低。但是正因此,才需要對更多的小(xiǎo)鼠細胞進行STR檢測,通過與現有的小(xiǎo)鼠STR數據比對,排除被已知(zhī)STR數據的小(xiǎo)鼠細胞污染或錯誤識别。進行小(xiǎo)鼠細胞STR檢測既能滿足發表文章雜(zá)志(zhì)編輯對STR數據提交的要求,同時得到了相關小(xiǎo)鼠細胞的STR數據,便于接受更多的第三方進行評估。

     然而在這個過程中(zhōng),總會有些不規範和不合理的現象及結果會誤導大(dà)家對小(xiǎo)鼠細胞STR鑒定的認識。

      在我(wǒ)(wǒ)們進行小(xiǎo)鼠細胞STR檢測的過程中(zhōng),對所遇到的不規範不合理現象總結出來,供行業參考以避免不合理的結果解釋和認識誤區。

       一(yī)、目前小(xiǎo)鼠細胞STR鑒定的标準位點爲18個而非9個。

      2019年,ATCC、NIST等單位聯合發表了一(yī)篇文章:《Interlaboratory study to validate a STR profiling method for intraspecies identification of mouse cell lines》,其中(zhōng)明确了小(xiǎo)鼠細胞STR鑒定聯合采用1-1、1-2、2-1、3-2、4-2、5-5、6-4、6-7、7-1、8-1、11-2、12-1、13-1、15-3、17-2、18-3、19-2、X-1等18個STR位點。并公布了相關小(xiǎo)鼠細胞的18個STR位點數據。目前cellosaurus數據庫提供的小(xiǎo)鼠細胞STR參考數據都是基于18個小(xiǎo)鼠STR位點的。由此可見小(xiǎo)鼠細胞STR鑒定的标準位點是18個,對于采用9個小(xiǎo)鼠STR位點進行的檢測,其匹配準确度自然大(dà)打折扣。

小(xiǎo)鼠STR-18位點-30K.gif

      二、對于沒有公布STR參考數據的小(xiǎo)鼠細胞,檢測結果卻是100%匹配結果的讨論

      一(yī)般進行細胞STR數據比對時,都是以國際公布的STR數據庫進行盲比,根據匹配度高低反應該細胞的真實身份。尤其對于小(xiǎo)鼠細胞,因公布的參比數據有限,可能很多小(xiǎo)鼠細胞STR數據與數據庫比對後沒有80%(參考人源細胞的認定标準)以上的結果。而對于數據庫都沒有提供STR數據庫的細胞,匹配度也達到100%的情況,可能的解釋隻有企業自身有某個細胞,先行檢測了該細胞STR數據後并作爲标準依據,而不是與國際标準細胞庫的數據進行比對的匹配結果。但需要注意的是,該标準數據應首先與目前國際公布的數據進行盲比以排除該細胞沒有被已知(zhī)細胞污染。在此前提下(xià),該數據暫可作爲企業内部質控的評估依據。但以此作爲認定依據時,需謹慎。附圖說明:1、MLE-12細胞,國際的标準STR數據庫未見該細胞的STR數據。2、檢測結果提示檢測細胞與MLE-12細胞的匹配度爲100%,但備注的說法又(yòu)與細胞庫描述的MLE-12細胞的背景信息不符。

小(xiǎo)鼠MLE-12細胞.jpg

      三、對于小(xiǎo)鼠細胞STR分(fēn)型結果的解釋

      STR分(fēn)型結果反映的是該基因位點的核心重複序列的重複次數,所以結果是形如“12,13”的形式。在實際檢測過程中(zhōng),因爲有等位基因标準品ladder,可直接得到”12,13”等分(fēn)型結果。确保同一(yī)樣本不同時間,不同人員(yuán),不同儀器的可檢出重複結果。如果沒有等位基因标準品ladder,檢測分(fēn)析時首先得到的是該STR基因位點的片段長度值(如:233.89),通過片段長度值及該位點的重複堿基數推算出“12,13”的分(fēn)型結果。但此種缺乏标準品ladder的分(fēn)析,因每次電(diàn)泳的長度值存在偏離(lí),存在分(fēn)型錯誤的風險。如圖所示:

小(xiǎo)鼠細胞STR分(fēn)型檢測片段長度.jpg

圖片7-44k.jpg